TCF3::PBX1MEF2D-R(A)結 果ALL 細胞株における遺伝子転座と遺伝子発現プロファイルの関連 RNA キャプチャーシーケンス解析によって遺伝子転座が以前に同定された細胞株 80 株に焦点を当て、遺伝子転座と遺伝子発現プロファイルとの関連について検討した。これらの細胞株は ALL における8 種 類 の 代 表 的 な 遺 伝 子 転 座［MEF2D 転 座（以下 MEF2D-R と表記）、BCR::ABL1、KMT2A-R、TCF3::PBX1、ETV6::RUNX1、TCF3::HLF、Ph-like、DUX4-R］を有する。まず、各細胞株の RNA-seq のデータより、FusionCatcher を用いて遺伝子転座タイプを同定した。次に、それぞれの遺伝子転 座 に 特 徴 的 な 1,554 遺 伝 子 に 基 づ き Uniform Manifold Approximation and Projection（UMAP）解析を行った。UMAP（図 2A）では、TCF3::PBX1株（黄色）、MEF2D-R 株（暗赤色）、KMT2A-R 株（赤色）、および他の細胞株がクラスター化して可視化された。さらに、ETV6::RUNX1 株（モスグリーン）、DUX4-R 株（水色）、TCF3::HLF 株（ピンク）、BCR::ABL1 株（青色）も視覚的には排他的な発現プロファイルを示した。特に、Ph-like 株［2 つcn/）で設計・取得した。各プラスミドを、KOPN3220 ms・1 パルスの条件で一過性に導入した。トランス（AraC）、プレドニゾロン（Pred）、L- アスパラギナーゼ（L-asp）、マホスファミド（Maf；シクロホスファミド［CY］の活性代謝物）、メトトレキサート（MTX）、（#S1525；Selleck Chemicals、Houston、TX）の薬剤を 添 加 し た 条 件 で 培 養 し、 既 報 の 方 法 に 従 いalamarBlue（Bio-Rad Laboratories、Hercules、CA）2 群間比較は Mann-Whitney U 検定を用いて行った。急性リンパ性白血病細胞株バンクの薬剤耐性の機序解明とその克服を目指した研究図 2 RNA-seq データを用いた細胞株および臨床検体のクラスタリング（次頁につづく）（A）各遺伝子転座に特徴的な 1,554 遺伝子に基づき 8 つの代表的な遺伝子転座を有する細胞株 80 株について UMAP 解析した。各点はそれぞれの細胞株を示し、各色はそれぞれの遺伝子転座を示す。細胞 1 × 106 個に対して Neon エレクトロポレーションシステム（Thermo Fisher Scientific）を用い、1700 V・フェクション後 48 時間で全 RNA を抽出した。薬剤感受性解析 各細胞株を 3 回ずつの繰り返しで、ダウノルビシン（DNR）、ビンクリスチン（VCR）、シタラビン6- メ ル カ プ ト プ リ ン（6MP） お よ び AZD7762で細胞生存率を測定した 2）。統計解析 GraphPad Prism（v.10.0.2）を用いて単純線形回帰を行った。Student's t 検定を用いてリアルタイム PCR における 2 群間比較を行った。その他の(A)Ph-likeKMT2A-R241
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