臨床薬理の進歩 No.47
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(Chromosome Science Labo 社)を用い、メーカーの手順に従って、ホルマリン固定・パラフィン包埋(FFPE)のセルブロック標本で実施した。Western blot 解析 細胞溶解によりタンパク質を抽出し、既報と同様の方法でニトロセルロース膜に転写した 6)。4 ℃で一晩、一次抗体(NUTM1:#3625[Cell Signaling Technology、Beverly、MA]または α -tubulin:#5168[SIGMA、St. Louis、MO])と反応させた後、HRP(ペルオキシダーゼ)標識の二次抗体(MBL)と室温で 1 時間反応させ、最後に ECL Prime Western Blotting Detection Kit(GE Healthcare、Little Chalfont、UK)を用いてシグナルを検出した。ACIN1::NUTM1誘導性細胞株の樹立 細胞株 KOPN32 に発現する ACIN1::NUTM1 をPCR 増幅し、得られた産物をドキシサイクリン(Dox)で誘導可能な発現ベクター(Addgene #83481)に、NEBuilder HiFi DNA Assembly Master Mix(New England BioLabs)を用いて組み込んだ。 次に、Lenti-X 293T 細胞(Takara Bio)に、レンチウイルスベクターと pMD2.G(Addgene #12259)、psPAX2(Addgene #12260)を Lipofectamine 3000(Thermo Fisher Scientific)で同時に導入して、ウイルスを作製した。ろ過したウイルス上清を Reh 細胞にポリブレン 1 µg/mL を加えて 48 時間感染させた。感染から 72 時間後より、Blastcidin 10 µg/mL で選択して亜株を樹立した。shRNA ノックダウン NUTM1エクソン8を標的とするshRNA(shNUTM1-1:GCTTACCTCTTGGCCTCTAAA、shNUTM1-2:CCAATGGAGAATCCCAATGTT)と、対照用のスクランブル shRNA(sh-NC:CCTAAGGTTAAGTCGCC CTCG)を、VectorBuilder(https://www.vectorbuilder.240対象細胞株 遺伝子転座として以下の遺伝子転座(MEF2D転座株 21 株、BCR::ABL1 株 17 株、KMT2A 転座株 14 株、TCF3::PBX1 株 14 株、ETV6::RUNX1 株5 株、TCF3::HLF 株 4 株、Ph-like 株 3 株、DUX4転座株 2 株)を含む合計 94 株の B 前駆細胞性(B cell precursor:BCP)ALL 細胞株を用いた。全ての細胞株は 10% FBS 含有の RPMI1640 培地を用いて、5% CO2・37 ℃環境下で培養した。RNA-seq 解析 各細胞株より抽出した全 RNA を用いて、Rhelixa(https://www.rhelixa.com/) へ 発 注 し て RNA-seqを実施した。Illumina 社 NovaSeq 6000 によるペアエンドシークエンスを行い、得られた fastq ファイルに対し、TrimGalore! (v.0.6.6)を用いてトリミングし、GRCh38 を参照配列として STAR(v.2.1.0)およびRSEM(v.1.1.17)を用いてアライメントを実施した。R パッケージの DEseq2(v.1.38.3)を用いて遺伝子発現差解析を行った。FusionCatcher(v1.33) を用いて遺伝子転座の検出を行った。細胞株 94 株のRNA-seq データを R パッケージ oncoPredict(v1.2)に入力し、361 種類の化合物について 50%阻害濃度(50% Inhibition Concentration:IC50)を予測した。候補化合物は、IC50 が比較的低いことに加えて、散布図の等値線(X = Y)から大きく外れる(=特徴的な差がある)ものとして選定した。細胞周期解析 各細胞株をエタノール固定後に Propidium Iodide(PI)染色し、フローサイトメーターにて S 期およびG2/M 期の割合を測定した。Fluorescence in situ hybridization(FISH)解析 細胞分裂間期の細胞株に対して 15q14 染色体領域の FISH 解析を行った。NUTM1 分断プローブ

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