Visium Spatial Gene Expressionスライド（10x Genomics）上に配置した。切片作製は Kotai Bio（株式会社コタイバイオ）に外部委託して行った。作製後の切片は室温で乾燥させたのち、4% パラホルムアルデヒド（PFA）を用いて一定時間固定した。固定後はリン酸緩衝生理食塩水（PBS）で洗浄 を行い、脱水を防ぐために迅速に次の工程へ進めた。 その後、Visium Spatial Gene Expression（10x Genomics）標準プロトコールに準じ、サイトアシストを用いて 組 織 透 過、 透 過 RNA の 逆 転 写 反 応 を 行 っ た。逆転写により得られた cDNA は、スライドから回収し、精製を経てライブラリー調製に供した。ライブラリー調製工程は、メーカー提供のキットおよび推奨手順に従って実施し、Quality check はBioanalyzer（Agilent Technologies）を用いて行った。 完成したライブラリーは Illumina 社の NovaSeq 6000 を用いてシーケンスを実施した。得られたリードは、10x Genomics 社の Space Ranger ソフトウェアを用いて参照ゲノムへのマッピングおよび遺伝子発現解析を行った。その後、Loupe ブラウザ （10x Genomics）を用いて空間的遺伝子発現パターンの可視化および解析を行った。解析結果の統計処理および可視化の一部は、R 言語環境および関連パッケージを用いて補助的に行った。細胞調製、フローサイトメトリー解析および細胞内染色 マウスから胃を摘出して胃組織を開いたのち、内容物を PBS または RPMI 培地で穏やかに洗浄した。胃組織を細切後、1.0 mg/mL コラゲナーゼ （和光純薬工業株式会社）を含む RPMI 培地で37 ℃にて消化した。得られた消化上清は 40 µmメッシュフィルターを通過させた。小腸固有層リンパ球（Lamina propria lymphocytes：LPL）の分離は、まず 0.5 mM EDTA で上皮層を除去した後、残存組織を同様に 1.0 mg/mL コラゲナーゼで134患者を対象に同意を得て胃内視鏡を実施し、検体を採取した。また実験に際し、理化学研究所人倫理委員会の承認を得て実施した（承認番号：RIKEN-Y-2025-043、許可番号：2022-7（6））。採取後の胃組織は、細菌叢の変化や RNA の分解を最小限に抑えるため液体窒素により直ちに凍結し、使用まで− 80 度で保存した。16S rRNA アンプリコンシーケンスのサンプル調製およびデータ解析 胃内容物および粘液試料は、遠心分離後に上清 を除去し、速やかに− 80 ℃で保存した。DNA抽 出 は 既 報 の 方 法 に 準 じ、 一 部 改 変 し て 実 施 した 6)。V4 可変領域をユニバーサルプライマー（314F–806R）により PCR 増幅し、得られた PCR産物を Illumina MiSeq（タカラバイオ株式会社）によりシーケンスした。ライブラリ作製はメー カーのプロトコールに従って行い、20% 変性 PhiXスパイクインを含むサンプルライブラリを MiSeq 500 サイクルキットを用いてシーケンスした。得ら れたデータは 2 × 250 bp のペアエンドリードであった。得られたシーケンスデータの分類学的 アサインおよび相対存在量の推定は、QIIMEソフト ウェアパッケージの解析パイプラインを用いて 実 施 し た。 キ メ ラ 配 列 の 検 出 に は UCHIME を 使用した。オペレーショナル分類単位（Operational Taxonomic Unit：OTU）は 97% 類似度で定義し、 Sylva デ ー タ ベ ー ス と の 比 較 に 基 づ き、RDP classifier により分類学的同定を行った。各群の平均 存在量の合計を 1 として正規化し、算出した比率をプロットした。ヒト胃内視鏡検体の Visium を利用した空間解析 小児の胃内視鏡検体は採取後、速やかに凍結保存した。解析時には、凍結試料をクライオスタット（−20 ℃条件）にて 10 µm 厚に切片化し、
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